چهار مشکل عمده در آب برج های خنک کننده :
خوردگی: از بین رفتن فلزات به واسطه فعل و انفعالات شیمیایی خوردگی نامیده می‌شود.
رسوب: مواد معدنی از قبیل کربنات کلسیم، فسفات‌های کلسیم و منیزیم و سیلیکات‌ها در آب نسبتا نامحلول هستند و می توانند بصورت غیر محلول به شکل رسوب تشکیل شوند و موجب آسیب و کاهش تبادل حرارت در سیستم‌های خنک‌کننده گردند.
فولینگ: فولینگ یا گرفتگی، حاصل ته نشست مواد معلق، گرد و غبار محیط اطراف و یا ترکیبات حاصل از خوردگی در داخل سیستم است.
آلودگی بیولوژیکی: سیستم‌های خنک‌کننده آبی، محیطی ایده‌آل برای رشد میکرو اورگانیسم‌ها و میکروب‌ها هستند که تاثیر بسزایی در افزایش سرعت خوردگی، ایجاد فولینگ و تشکیل رسوب خواهد داشت.