مشکلات عمده در آب برج های خنک کننده :

خوردگی:از بین رفتن فلزات به واسطه فعل و انفعالات شیمیایی خوردگی نامیده می شود.

رسوب:مواد معدنی از قبیل کربنات کلسیم، فسفات های کلسیم و منیزیم و سیلیکات ها در آب نسبتا نامحلول هستند و می توانند بصورت غیر محلول به شکل رسوب تشکیل شوند و موجب آسیب و کاهش تبادل حرارت در سیستم های خنک کننده گردند.

فولینگ:فولینگ یا گرفتگی، حاصل ته نشست مواد معلق، گرد و غبار محیط اطراف و یا ترکیبات حاصل از خوردگی در داخل سیستم است.

آلودگی بیولوژیکی:سیستم های خنک کننده آبی، محیطی ایده آل برای رشد میکرو اورگانیسم ها و میکروب ها هستند که تاثیر بسزایی در افزایش سرعت خوردگی، ایجاد فولینگ و تشکیل رسوب خواهد داشت.